过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯——数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。

<p>由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。就这样，理树成为了LB中的一